Esta singular formación es una laguna costera que constituye interfase entre los medios terrestre y marino. El Mar Menor es una laguna costera hipersalina (42-47 g/l), de unos 135 km2 de superficie, situada en el fondo de la cuenca aluvial del Campo de Cartagena. La temperatura del agua presenta un intervalo anual que varía entre 10 y 30 ºC.

Está separado del Mediterráneo por una barra arenosa apoyada sobre afloramientos rocosos de origen volcánico (La Manga), con una longitud de 22 km y de anchura variable (entre 100 y 1.500 m). Esta barra arenosa está surcada por 5 canales o golas, por las que se establece la comunicación entre los dos mares. En su interior aparecen cinco islas volcánicas: Mayor o del Barón, Perdiguera, del Ciervo, Rondella y del Sujeto. La profundidad máxima que hay en la laguna es de 7 m, siendo la media de 4 m.

En el entorno existen un complejo ambiental de humedales asociados entre los que se incluyen criptohumedales litorales, como La Marina del Carmolí que comprende un conjunto de pequeñas charcas con vegetación de saladar, contiguas a la playa, que dan paso a una extensión de estepa litoral con carrizal y el saladar de Lo Poyo, formado por una antigua laguna litoral (denominada de San Ginés), transformada luego en salinas (hoy abandonadas), y separada de la ribera del Mar Menor por una franja arenosa. Tras ella se sitúan saladares y carrizales, y atravesando todo el paraje, la desembocadura de ramblas; y humedales con salinas costeras activas, como Las Salinas de Marchamalo o las del Rasall, que junto a la explotación salinera, incluyen saladares, juncales y arenales.

La laguna del Mar Menor y sus humedales asociados contabilizan una elevada concentración de aves larolimícolas, anátidas y otras acuáticas, que en total pueden alcanzar en pasos migratorios hasta 7.000 aves como media diaria. Destaca por su importancia para la invernada de Serreta mediana (Mergus serrator) y sirve de refugio invernal o como área de nidificación a otras especies como: Cormorán Grande, Garceta común, Cigüeñuela, Flamenco, Avoceta, Cerceta pardilla, Zampullín cuellinegro, Somormujo lavanco, Gaviota picofina, Charrancito común y Chorlitejo patinegro.

Otro elemento de la fauna ligado a estos ambientes es el Fartet (Aphanius iberus), especie endémica del levante español, que se presenta en charcas y zonas de aguas someras de la ribera del Mar Menor y algunas balsas de las instalaciones salineras.

La vegetación asociada a saladares y humedales esta constituida por matorrales halófitos que incluyen saladillas, almajos y barrillas, como Arthrocnemun macrostachyum, Salicornia ssp., Suaeda vera, Atriplex halimus y Atriplex glauca, y la especie arborea Tamarix boveana. Son también frecuentes especies como Halimione portulacoides, Dittrichia viscosa y diferentes especies de juncos. En las estepas salinas, en torno a estos saladares, la vegetación suele estar constituida por especies del genero Limonium, el albardín (Ligeum spartum), Artemisia barrelieri, Salsola papillosa, etc. Tambien suelen presentarse en zonas temporalmente inundadas con cierta salinidad Carrizales de Phagmites australis.