El Capitulo III de la Ley está dedicado en exclusiva a la protección y regeneración de los recursos pesqueros. Con este objetivo, se establece la declaración de tres tipos de zonas: Reservas Marinas, Zonas de Acondicionamiento Marino y Zonas de Repoblación Marina.

Las Reservas Marinas son áreas que albergan unas comunidades animales y/o vegetales muy valiosas para la regeneración de los recursos pesqueros de la zona. En ellas, se establecen medidas de protección que limitan y/o prohíben todas aquellas actividades que pueden alterar su equilibrio natural (pesca, buceo, navegación, etc.).

Las Reservas Marinas pueden estar constituidas por varias zonas o áreas con diferentes niveles de protección. El Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación es el encargado de la declaración de las Reservas Marinas.

Las Zonas de Acondicionamiento Marino son aquellas en las que se realizan obras o instalaciones para favorecer la protección y reproducción de recursos pesqueros, como pueden ser los arrecifes artificiales.

Las Zonas de Repoblación Marina son zonas destinadas a la liberación controlada de especies en cualquier fase de su ciclo vital.