Vegetación:  Incluye una gran variedad de hábitats marinos y terrestres, destacando entre los primeros las praderas de Posidonia oceanica. Entre la vegetación terrestre, destacan las formaciones de dunas, arenales y saladares. Esta zona incluye el único sabinar de dunas (Juniperus turbinata) existente en la región (P.R. de las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar). También destaca, por su buen estado de conservación, la vegetación fruticosa de ambientes salinos y una gran variedad de comunidades de dunas costeras. Además, se presentan juncales, pastizales halófilos y tarayales. Son especies de interés Sarcocornia alpinii, Juniperus tubinata, Pancratium maritimum, Aetheorhiza bulbosa, Triplachne nitens, Pseudorlaya pumila y los endemismos Helianthemum marminorensis y Frankenia corymbosa. Las islas del Mar Menor presentan matorrales, destacando la Isla Mayor con un palmitar muy bien conservado. Las Islas del Ciervo y Redonda poseen buenas representaciones de cornicales, tomillares y formaciones de Whitania y Lycium intricatum muy interesantes. Existen numerosos endemismos (Limonium delicatulum, Limoniumarenosum, Teucrium freynii, Teucrium carthaginense, Sideritis pusilla subsp. carthaginensis) e iberoafricanismos (Caralluma europaea, Periploca angustifolia, Maytenus senegalensis, Tamarix boveana, Brassica tourneforti, Ammochloa palestina), así como diversos elementos terminales (Asplenium billotii, Polypodium cambricum, Othantusmaritimus, Asparagus maritimus).

Fauna:  La zona presenta la mayor población de Fartet (Aphanius ibera) de la región. Es una zona de importancia para las aves acuáticas, especialmente para la cigueñuela (Himantopus himantopus), garceta común (Egretta garzetta), terrera marismeña (Calandrella rufescens), avoceta (Recurvirostra avosetta), charrancito común (Sterna albifrons) y pagaza piconegra (Gelochelidon nilotica). Las Islas Hormigas destacan por albergar una importancia colonia nidificante de Paiño común (Hydrobates pelagicus melitensis). También son interesantes las poblaciones de Pardela cenicienta (Calonectris diomedea) y gaviota de audouin (Larus audouinii), siendo la Isla Grosa una de las colonias más importantes del mundo para esta especie. Entre los reptiles marinos destaca la tortuga boba (Caretta caretta) y, entre los mamíferos, el delfín mular (Tursiops truncatus) y el delfín común (Delphinus delphis)

Especies incluidas en el Anexo II del Protocolo (1):  

• 7 aves: Padion haliaetus,Calonectris diomedea, Hydrobates pelagicus, Larus audouinii, Phoenicopterus ruber, Sterna albifrons, Sterna sandvicensis.
• 5 plantas marinas: Posidonia oceanica, Zostera nolti, Cystoseira mediterránea, Cystoseira spinosa, Cystoseira zosteriodes.
• 13 invertebrados marinos: Thetya sp., Ophidiaster ophidianus, Dendropoma petraeum, Lithophaga litophaga, Pholas dactylus, Luria lurida, Erosaria spurca, Charonia lampas, Centrostephanus longispinus, Asterina pancerii, Astroides calycularis, Axinella polypoides, Pinna nobilis.
• 2 peces: Fartet (Aphanius ibera), Caballito de mar (Hippocampus hippocampus)
• 2 reptiles:Tortuga boba (Caretta caretta), Dermochelys coriacea.
• 2 mamíferos: Delfín común (Delphinus delphis) y delfín mular (Tursiops trunatus).

Inclusión en la Lista de ZEPIM:  La Dirección General de Medio Natural propuso esta zona para su inclusión en la Lista de ZEPIM en octubre de 2001, aprobándose durante el “XII Congreso de las Partes Contratantes del Convenio de Barcelona” celebrado en Mónaco del 14 al 17 de noviembre de 2.001.